Im Jahre 1313 wurde die Pfarrei Engelbrechtsmünster offiziell gegründet. Bis 1350 wurde die Seelsorge von Mönchen von St. Paul im Moos ausgeübt. Anschließend übernahmen Kleriker des Bistums diese Aufgabe.

Ab 1426 war der Domprobst von Regensburg Inhaber der Pfarrei. Die Seelsorge leitete ein Pfarrvertreter mit zwei Kooperatoren. Dies zeigt, dass die Pfarrei Engelbrechtsmünster eine reich dotierte Pfarrei war.

Im Jahr 1827 gehörten zur Pfarrei noch die Orte Schillwitzried, Schillwitzhausen, Schafoh, Straßberg, Lindach und acht Nebenkirchen (Schillwitzhausen, Ilmendorf, Rockolding, Aiglsbach, Gasseltshausen, Pöbenhausen, Oberpindhart und Unterpindhart).

Bis 1827 dazu ebenfalls Ernsgaden, Westenhausen und Griesham, die jedoch nach Vohburg umgepfarrt wurden. Im 17. Jahrhundert wurde die Pfarrei Ainau zeitweise von Engelbrechtsmünster mit versorgt.

Die Pfarrei Engelbrechtsmünster war in diesen Jahren die zweitgrößte Pfarrei im Bistum Regensburg und eine am höchsten dotierten Pfarreien. Sie unterstand direkt dem Domprobst von Regensburg. So war der eigentlich Pfarrherr nicht immer hier wohnhaft, wohl aber mehrere Kapläne und Pfarrverweser.