Erstmals erwähnt wird die Pfarrei Schermbach, wie damals Rottenegg hieß, um 1279. Ab 1421 wird diese dann als Pfarrei Rottenegg bezeichnet. Das Präsentationsrecht für die Pfarrer übten seit 1524 die Inhaber der Herrschaft in Rottenegg aus. Seit 1785 liegt es beim Bayerischen Landesherrn, wird aber nicht mehr wahrgenommen. Seit September 2011 vorübergehend und mit dem Ruhestand von Pfarrer Georg Fischer endgültig, bildet Rottenegg eine Pfarreiengemeinschaft mit Engelbrechtsmünster und Aiglsbach. 

Seit 01. September 2024 gehört Rottenegg zur PG St. Emmeram in der Hallertau.